质谱分析仪是分离和检测不同同位素的仪器。质量分析器是质谱仪器的核心，由质量分析器的不同构成了不同种类的质谱仪器。是将离子源产生的离子按m/z顺序分开并排列成谱的仪器。
常见的质量分析仪器包括四极杆质量分析器 、离子阱质量分析器、傅立叶变换离子回旋共振(FT-ICR) 以及飞行时间质量分析器(TOF)。
四极杆质谱分析器是目前成熟、应用*泛的小型质谱计之一。在气相色谱-质谱( GC/MS)和液相色谱-质谱(LC/MS) 联用仪中,四极杆是常用的质量分析器之一。
离子阱质量分析器具有灵敏度高、质量范围大、结构简单、可实现多级串联质谱MSn等优点。
飞行时间质谱计检测离子的质荷比是没有上限的，这就特别适合于生物大分子的测定。
傅立叶变换离子回旋共振(FT-ICR)的分辨率*，远远超过其它质谱分析器，可完成多级(时间上)串联质谱的操作，可采用各种电离方式，便于与色谱仪联机；具有灵敏度高、质量范围宽、速度快、性能可靠等优点。
质谱分析仪的基本组成包括进样系统、离子源、质量分析器、检测器、真空系统和计算机控制与数据处理系统等。
1、进样系统：将样品送进离子源。
2、离子源：将样品电离，得到带有样品信息的离子。
3、质量分析器：将离子源产生的离子按 m/z 大小分离开。
4、检测器：用以测量和记录离子流强度，得出质谱图。
5、真空系统：保证离子源中灯丝的正常工作，保证离子在离子源和质量分析器中正常运行。
6、计算机控制与数据处理系统：通过计算机对质谱仪进行控制，通过软件对质谱数据进行处理。
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